La phytosociologie, étude des communautés végétales, est une science toute jeune comparée à la botanique : elle a fêté son centenaire en 2010. Le Conservatoire botanique national alpin a développé, dès sa création, de nombreux projets d'étude des habitats. Sur les plus de 42 600 km² de son territoire d'agrément plus de 12 300 km² d'habitats sont d'ores et déjà cartographiés :
Un travail de cartographie des habitats vient également d'être lancé au niveau national via le programme CARHAB, dans lequel le Conservatoire s'implique fortement.
L'étude des habitats intègre, comme l'étude de la flore, de multiples sources : bibliographie, relevés de terrain géolocalisés, analyse spatiale par photo-interprétation et télédétection... Les référentiels mis en place aux niveaux national et européen demandent cependant d'être précisés à l'échelle des Alpes. Le Conservatoire botanique national alpin travaille ainsi, en cohérence avec ses homologues de Franche-Comté, du Massif central et méditerranéen de Porquerolles, à la définition de ce nouveau référentiel affiné.
En parallèle de l'acquisition des connaissances et avec la Directive européenne Habitats se met en place le travail de conservation des habitats remarquables.