Sur les plus de 42 600 km² de son territoire d'agrément, le Conservatoire botanique national alpin a réalisé plus de 5 000 000 observations floristiques permettant de caractériser la flore alpine constituée en 2011 de 5 884 taxons dont :
Afin de mieux connaître la flore de son territoire d'agrément, le CBNA met en œuvre un inventaire permanent. Chaque année une part du territoire est prospectée par les botanistes selon des protocoles définis en fonction des objectifs. Les espèces sont identifiées, localisées, parfois dénombrées. L'ensemble des observations est ensuite saisi, selon l'Index de la flore de France, référentiel taxonomique du Muséum national d'histoire naturelle, dans la base de données Flore, outil indispensable du Conservatoire botanique national alpin.
Le socle de connaissances ainsi constitué est croisé avec les outils réglementaires et d'alerte existants afin de définir les priorités en matière d'actions de conservation.