En tant que Conservatoire botanique national, le CBNA exerce les quatre missions définies dans son agrément par le Code de l’environnement (articles L 414-10 et D416-1 à D416-8) :
Le CBNA est membre de la Fédération des conservatoires botaniques nationaux.
Son territoire d'intervention est centré sur la zone alpine française. Il est défini selon des critères biogéographiques et institutionnels. Il couvre les départements de l'Ain, des Alpes-de-Haute-Provence, des Hautes-Alpes, de la Drôme, de l'Isère, de la Savoie et de la Haute-Savoie.
Organisé sous la forme d'un Syndicat mixte, le Conservatoire botanique national alpin s'appuie sur un Comité syndical qui guide ses choix d'actions à mettre en œuvre. Il est actuellement composé de la Ville de Gap, du Conseil général des Hautes-Alpes et des Régions Provence-Alpes-Côte d'Azur et Rhône-Alpes. La Direction Régionale de l'Environnement de l'Aménagement et du Logement (DREAL) Provence-Alpes-Côte d'Azur, ainsi que les départements de l'Isère et de la Savoie y ont une place consultative.
L'équipe du Conservatoire botanique national alpin compte actuellement 30 personnes réparties entre le siège à Gap (05) et l'antenne rhônalpine à Chambéry (73). Elle est structurée en quatre services : connaissance, conservation, géomatique et appui-gestion.
Depuis 20 ans le CBNA a construit un ensemble de ressources diversifiées sur la connaissance de la flore et des milieux alpins, leur distribution géographique et leur évolution :